EL 14 de abril de 1928 se forjó la formación del C.D. Juventud del Círculo a efectos federativos, comenzando su andadura deportiva a efectos de competición federada, auspiciado siempre por el Círculo Católico de Obreros de Burgos. Desde esa fecha participa en las competiciones organizadas por la Federación de Castilla y León de Fútbol, ostentando el grado de equipo decano del fútbol burgalés.
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El mayor mérito histórico del conjunto arlequinado lo constituye su permanencia doce temporadas consecutivas en Tercera División, desde 1956/57 a 1967/68, años en que no existía todavía la Segunda B, lo que reviste de un nivel muy superior a la Tercera de entonces respecto de la actual, además de proclamarse campeón de la Copa de Castilla en la temporada 1962/63. De las filas del CD Juventud han surgido brillantes jugadores como Guti, Arsenio y Pestaña, que ficharon por el Burgos CF en Segunda División (Pestaña incluso jugó un año en Primera con el Real Valladolid); Iñiguez, y Martínez, que militó en el CD Málaga de Primera División desde 1965 a 1976.
El fútbol de élite burgalés siempre estará en deuda con el CD Juventud. El mítico «Zatorre» (estadio anterior a «El Plantío»), ubicado en los terrenos del actual Complejo Docente del Círculo Católico de Obreros, fue habilitado por iniciativa del CD Juventud en el año 1930, y aunque era propiedad del Círculo Católico, lo utilizaron conjuntamente el Burgos CF y el Deportivo Juventud hasta el año 1964.
A partir de 1980 el CD Juventud crea nuevas secciones deportivas, destacando la de baloncesto que consiguió militar doce temporadas en 1a División (1999/00 a 2011/12). Accedió a la Liga EBA en la temporada 2009/10, y obtuvo el título de campeón de la Copa Castilla y León en la 09/10.
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Por su dilatada trayectoria histórica, y su meritoria labor a favor del deporte base, en el año 2004, y con motivo de los actos conmemorativos del 75 aniversario del Club, se recibieron los títulos de “Buen Vecino de Burgos” y “Club Deportivo Ejemplar” de manos del Ayuntamiento de Burgos y la Diputación Provincial de Burgos respectivamente.