EL 14 de abril de 1928 se forjó la formación del C.D. Juventud del Círculo a efectos federativos, comenzando su andadura deportiva a efectos de competición federada, auspiciado siempre por el Círculo Católico de Obreros de Burgos. Desde esa fecha participa en las competiciones organizadas por la Federación de Castilla y León de Fútbol, ostentando el grado de equipo decano del fútbol burgalés.
El mayor mérito histórico del conjunto arlequinado lo constituye su permanencia doce temporadas consecutivas en Tercera División, desde 1956/57 a 1967/68, años en que no existía todavía la Segunda B, lo que reviste de un nivel muy superior a la Tercera de entonces respecto de la actual, además de proclamarse campeón de la Copa de Castilla en la temporada 1962/63. De las filas del CD Juventud han surgido brillantes jugadores como Guti, Arsenio y Pestaña, que ficharon por el Burgos CF en Segunda División (Pestaña incluso jugó un año en Primera con el Real Valladolid); Iñiguez, y Martínez, que militó en el CD Málaga de Primera División desde 1965 a 1976.
El fútbol de élite burgalés siempre estará en deuda con el CD Juventud. El mítico «Zatorre» (estadio anterior a «El Plantío»), ubicado en los terrenos del actual Complejo Docente del Círculo Católico de Obreros, fue habilitado por iniciativa del CD Juventud en el año 1930, y aunque era propiedad del Círculo Católico, lo utilizaron conjuntamente el Burgos CF y el Deportivo Juventud hasta el año 1964.
A partir de 1980 el CD Juventud crea nuevas secciones deportivas, destacando la de baloncesto que consiguió militar doce temporadas en 1a División (1999/00 a 2011/12). Accedió a la Liga EBA en la temporada 2009/10, y obtuvo el título de campeón de la Copa Castilla y León en la 09/10.
Por su dilatada trayectoria histórica, y su meritoria labor a favor del deporte base, en el año 2004, y con motivo de los actos conmemorativos del 75 aniversario del Club, se recibieron los títulos de “Buen Vecino de Burgos” y “Club Deportivo Ejemplar” de manos del Ayuntamiento de Burgos y la Diputación Provincial de Burgos respectivamente.